home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Inside Indy 1993 / Inside Indy 1993.iso / demos / CHEM / newx / res.known < prev   
Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  3.8 KB  |  197 lines
  1. #
  2. # File:   res.known
  3. # Author: M. Knoblauch (Derived from conventions introduced into MOLCAD
  4. #            by Dr. B.M. Bussian)
  5. # Date:   21-Jul-1988
  6. # Update: 08-Nov-1988 by thg & wh
  7. #
  8. # This file contains the neccessary information for MOLCAD to generate
  9. # connectivities from repetitive units (residues). Lines beginning with
  10. # a number character ('#') are comments. Each non-comment line describes
  11. # a 'known' residue. The lines are formatted and contain the following
  12. # pieces of information:
  13. #
  14. # col  1 -  4: Residue name,                char[4];
  15. #      5 -  8: Encoding of the residues' start-atom,    char[4];
  16. #      9 - 12: Encoding of the residues' end-atom,    char[4];
  17. #     13 - 16: Residue type,                int[4];
  18. #     17 - 20: Encoding of the residues' delete-atom1   char[4];
  19. #     21 - 24: Encoding of the residues' delete-atom2   char[4];
  20. #
  21. # All residues are given a numerical residue-type. The coding is
  22. # (according to resclass.c by Dr. B.M. Bussian) as follows:
  23. #
  24. # Amino Acids:
  25. #  aliphatic             1 GLY ALA ALAC VAL ILE LEU PRO
  26. #  aromatic             2 PHE TRP HIS
  27. #  polar    alcohols     3 SER THR THRN
  28. #        S-containing     4 CYS MET
  29. #        aromatic     5 TYR
  30. #        amine         6 ASN GLN
  31. #  charged    negatively     7 ASP GLU
  32. #        positively     8 LYS ARG
  33. #
  34. # Nucleic Acids:
  35. #  purins             9 G   A
  36. #  pyrimidines            10 C   T   U
  37. #
  38. # Others:
  39. #  general            99
  40. #
  41. #  polymers                     98
  42. #
  43. #2345678901234567890
  44. #
  45. # Amino Acids
  46. #
  47. ALA  N   C     1
  48. ALAC N   C     1
  49. ALAN N   C     1
  50. ALAn N   C     1
  51. AR+C N   C     8
  52. AR+N N   C     8
  53. AR+n N   C     8
  54. ARG  N   C     8
  55. ARG+ N   C     8
  56. ASN  N   C     6
  57. ASNC N   C     6
  58. ASNN N   C     6
  59. ASNn N   C     6
  60. AP-C N   C     7
  61. AP-N N   C     7
  62. AP-n N   C     7
  63. ASP  N   C     7
  64. ASP- N   C     7
  65. ASPC N   C     7
  66. ASPN N   C     7
  67. ASPn N   C     7
  68. CYS  N   C     4
  69. CYSC N   C     4
  70. CYSH N   C     4
  71. CYSN N   C     4
  72. CYSn N   C     4
  73. CYH  N   C     4
  74. CYHC N   C     4
  75. CYHN N   C     4
  76. CYHn N   C     4
  77. CSH  N   C     4
  78. CSS  N   C     4
  79. CYX  N   C     4
  80. GL-C N   C     7
  81. GL-N N   C     7
  82. GL-n N   C     7
  83. GLU  N   C     7
  84. GLU- N   C     7
  85. GLUC N   C     7
  86. GLUN N   C     7
  87. GLUn N   C     7
  88. GLN  N   C     6
  89. GLNC N   C     6
  90. GLNN N   C     6
  91. GLNn N   C     6
  92. GLY  N   C     1
  93. GLYC N   C     1
  94. GLYN N   C     1
  95. GLYn N   C     1
  96. HI+C N   C     2
  97. HI+N N   C     2
  98. HI+n N   C     2
  99. HIDC N   C     2
  100. HIDN N   C     2
  101. HIDn N   C     2
  102. HIS  N   C     2
  103. HIS+ N   C     2
  104. HISC N   C     2
  105. HISD N   C     2
  106. HISN N   C     2
  107. HISn N   C     2
  108. ILE  N   C     1
  109. ILEC N   C     1
  110. ILEN N   C     1
  111. ILEn N   C     1
  112. ILU  N   C     1
  113. LEU  N   C     1
  114. LEUC N   C     1
  115. LEUN N   C     1
  116. LEUn N   C     1
  117. LY+C N   C     8
  118. LY+N N   C     8
  119. LY+n N   C     8
  120. LYS  N   C     8
  121. LYS+ N   C     8
  122. LYSC N   C     8
  123. LYSN N   C     8
  124. LYSn N   C     8
  125. MET  N   C     4
  126. METC N   C     4
  127. METN N   C     4
  128. METn N   C     4
  129. PHE  N   C     2
  130. PHEC N   C     2
  131. PHEN N   C     2
  132. PHEn N   C     2
  133. PRO  N   C     1
  134. PROC N   C     1
  135. PRON N   C     1
  136. PROn N   C     1
  137. SER  N   C     3
  138. SERC N   C     3
  139. SERN N   C     3
  140. SERn N   C     3
  141. THR  N   C     3
  142. THRC N   C     3
  143. THRN N   C     3
  144. THRn N   C     3
  145. TRP  N   C     2
  146. TRPC N   C     2
  147. TRPN N   C     2
  148. TRPn N   C     2
  149. TYR  N   C     5
  150. TYRC N   C     5
  151. TYRN N   C     5
  152. TYRn N   C     5
  153. VAL  N   C     1
  154. VALC N   C     1
  155. VALN N   C     1
  156. VALn N   C     1
  157. #
  158. # Nucleic acids
  159. #
  160. A    P   O3*   9
  161.   A  P   O3*   9
  162. C    P   O3*  10
  163.   C  P   O3*  10
  164. G    P   O3*   9
  165.   G  P   O3*   9
  166. THY  P   O3*  10
  167. T    P   O3*  10
  168.   T  P   O3*  10
  169. URD  P   O3*  10
  170. U    P   O3*  10
  171.   U  P   O3*  10
  172. #
  173. # Nonstandard (HET) Groups
  174. #
  175. FMN  P   O3*  10
  176. HEM  CBC C2C  99
  177. NAD O3A* OA1  99
  178. #
  179. # Nonstandard Residues
  180. #
  181. HOH  O   O    99
  182. H2O  O   O    99
  183. WTR  O1  O1   99
  184. WAT  O   O    99
  185. WTX  O   O    99
  186. ACE  O   C    99
  187. FOR  O   C    99
  188. UNK  N   C    99
  189. SO4  O1  O4   99
  190. ####ZEO  T   T    99
  191. PO1  C1  C2   98 H1  H4  
  192. HXD  N1  N2   98 H14 H16
  193. ADS  C5  C6   98 O3  O4  
  194. #
  195. # End of file 'res.known'
  196. #
  197.